Metody fenotypowe:

• • identyfikacja drobnoustrojów z zastosowaniem podstawowych testów biochemicznych (również komercyjnych testów identyfikacyjnych);
  • identyfikacja drobnoustrojów z zastosowaniem aparatów automatycznych;
  • identyfikacja drobnoustrojów bezpośrednio w materiałach klinicznych pobranych od pacjentów z podejrzeniem inwazyjnego zakażenia z zastosowaniem szybkich testów lateksowych;
  • określanie grup i typów serologicznych izolatów wybranych gatunków drobnoustrojów z zastosowaniem monoklonalnych surowic;
  • określanie lekowrażliwości izolatów bakteryjnych referencyjnymi metodami oznaczania najmniejszych stężeń hamujących antybiotyków i chemioterapeutyków (metoda mikrorozcieńczeń w bulionie, metoda rozcieńczeń w agarze, metoda dyfuzji z paska z gradientem stężenia antybiotyku).

Metody molekularne:

• identyfikacja wybranych gatunków drobnoustrojów (również bezpośrednio w materiałach klinicznych i materiałach uzyskanych post mortem) poprzez wykrywanie gatunkowo-specyficznych sekwencji DNA w reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) oraz Real-Time PCR (RT-PCR);
• określanie grup serologicznych N. meningitidis oraz typów serologicznych Streptococcus pneumoniae i Haemophilus influenzae z zastosowaniem specyficznych reakcji PCR oraz RT-PCR;
• wykrywanie wybranych mechanizmów zjadliwości oraz oporności na antybiotyki/chemioterapeutyki u izolatów bakteryjnych ;
• typowanie molekularne izolatów metodą RFLP-PFGE;
• typowanie molekularne izolatów metodą MLST;
• typowanie molekularne N. meningitidis przez sekwencjonowanie wybranych loci genów spoza schematu MLST (np. porA, porB, fetA, penA);
• sekwencjonowanie genomowe izolatów (WGS).